为支持部分行业特定增值税一般纳税人的健康发展，盘活增值税留抵税额资金，财政部税务总局下发了《关于2018年退还部分行业增值税留抵税额有关税收政策的通知》(财税〔2018〕70号)和《关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税教育费附加和地方教育附加政策的通知》(财税〔2018〕80号)，明确对特定纳税人实行增值税期末留抵退税退还政策，并允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税(征)依据中扣除退还的增值税税额。一经发布后，引来一番热议，并存在几个问题的分歧。对此，笔者进行分析。
一、留抵税额退还的实质是啥?
增值税一般纳税人期末留抵税额是在该时点按照规定允许从销项税额中抵扣，但不足以抵扣，结转下期继续抵扣的税额，其本质是增值税进项税额。因此，留抵税额退还的实质就是退还进项税额。
由此，在后期会导致进项税额减少下，缺乏增值税进项税额抵扣，产生应纳税额。但需要注意，如果从先进先抵的角度去理解，那么最先缴纳的退还税额等额部分，实质就是对退还税额的进项税额返还部分。
比如，留抵税额退还100元，后期缴纳100元，这个缴纳的100元，本质上就是退还100元的归返。
因此，在留抵税额退还之后，后期又全部返还的情形下，纳税人得到了资金流的利益，但没有得到增值税的实质性减少，是一种资金的暂时性差异。
二、附加税费如何处理?
附加税费(城建税、教育费附加和地方教育附加)是在什么时点处理?
有人说，在留抵税额退还时，随退附加税费，税舟说，这是错的。如前所述，留抵退税退的是进项税额，自然与实缴增值税的退税不是一码事，压根儿就是没有缴纳过相应的附加税费，那怎么有退还的道理呢?没有退还的计算依据。因此，随同退还的观点是错误的。
有人说，在后期缴纳增值税时，不应该扣除附加税费的基数，附加税费是随同实缴增值税一起计征的，这个80号文是错误的。咋一看，非常有道理，相应的征收规定中也确认有这样的文字表述。
如，《中华人民共和国城市维护建设税暂行条例》(国发〔1985〕19号)第三条规定，城市维护建设税，以纳税人实际缴纳的消费税、增值税、营业税税额为计税依据，分别与消费税、增值税、营业税同时缴纳。但是，如前所述，对退还的留抵税额的返还征收，实质是对已经退还的进项税额的返还，不是真正的纳税人应纳税额(表面反映应纳税额)，不应该属于附加税费的计征依据。
因此，对于后期应纳增值税中相当于已退还留抵税额的金额部分，在计征附加税费时需要扣除，即不予征收附加税费。从实务出发，笔者认为扣除的时点以先发生的应纳税额先扣除，直到扣完为止。
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