根据海关总署2018年第194号、219号公告等海关企业注册登记管理有关规定和跨境电商管理有关要求，跨境电子商务企业应当向海关进行注册登记。
纳入海关注册登记的参与企业范围
（一）跨境电子商务平台企业、物流企业、支付企业等参与跨境电子商务零售进口业务的企业；
（二）境外跨境电子商务企业的境内代理人；
（三）跨境电子商务企业、物流企业等参与跨境电子商务零售出口业务且需要办理报关业务的企业。
对其他参与企业，确有需要的，可以办理无报关权其他企业登记。
备案方式
（一）未办理注册登记的企业：在跨境电子商务为报关企业或者进出口货物收发货人的同时备案跨境电商类型，或者通过信息变更作业维护参与企业类型。
（二）已办理注册登记的企业：通过信息变更作业维护参与企业类型。
备案流程
备案流程分两步：
（一）可通过以下两个网站进行网上申请
1、通过“中国国际贸易单一窗口”（http://www.singlewindow.cn）。
2、“互联网+海关”(http://online.customs.gov.cn)申请。
登录后点击“企业管理和稽查”然后点击更多
点击跨境电子商务企业登记
（二）、向注册地海关提交相关资料
1、跨境电子商务企业、跨境电子商务平台企业和监管场所经营人提交以下资料:
《报关单位情况登记表》（注：需在“经营范围”栏目中注明“跨境电子商务类型”、“跨境电子商务网站网址” ）。
2、跨境电子支付企业提交以下资料:
（1）《报关单位情况登记表》、
（2）提供跨境电子商务支付服务的银行机构，需提交银保监会或者原银监会颁发的《金融许可证》；提供跨境电子商务支付服务的非银行支付机构，需提交中国人民银行颁发的《支付业务许可证》，支付业务范围应包括“互联网支付”。
3、跨境电子商务物流企业提交以下资料:
（1）《报关单位情况登记表》；
（2）国家邮政管理部门颁发的《快递业务经营许可证》。
4、其他确有需要的参与企业，可办理无报关权其他企业登记提交以下资料:
《跨境电商信息登记表》。
以上所需资料除了《报关单位情况登记表》、《跨境电商信息登记表》以外，海关可以通过网络共享或互联网查询方式获取上述规定材料信息的，直接打印相关查询页面留存，无需企业另行提交。企业对海关查询结果有异议的，海关可要求企业提供有关资质证书复印件，并予以留存。
结果查询
注册地海关依法对申请注册登记材料进行核对。经核对申请材料齐全、符合法定形式的，给予办理注册备案登记或注册信息变更。企业可通过“中国国际贸易单一窗口”企业资质子系统或“互联网+海关”企业管理子系统查询办理结果。
相关法律法规及文件依据
《中华人民共和国报关单位注册登记管理规定》（署令240号第37附件）
《中华人民共和国海关 中华人民共和国市场监督管理总局2019年第14号公告》
《中华人民共和国海关总署2018年第194号公告》
《中华人民共和国海关总署2018年第219号公告》
《商务部 发展改革委 财政部 海关总署 税务总局 市场监管总局关于完善跨境电子商务零售进口监管有关工作的通知》商财发[2018]486