PCT和巴黎公约并不矛盾，PCT实质上是在巴黎公约的基础上，为进一步加强专利领域国际合作而形成的一个国际公约，可以认为PCT是巴黎公约的有益补充。
既然存在两种向其他国家提交专利申请的途径，那么就有一个选择的问题，什么情况下适宜通过巴黎公约途径，什么情况下适宜通过PCT途径。需要说明的是，无论通过哪种途径向其他国家提交专利申请，最终该项专利申请能否在这些国家真正被授予专利权，都要由这些国家根据自己的本国法律进行审查，授权与否同该申请是通过何种途径提交并无必然联系。但是，采用何种途径向其他国家提交专利申请与申请人的经济利益是息息相关的，并且有些专利申请只能适用于其中的一种途径。
下面先简要介绍一下通过巴黎公约途径和通过PCT途径向其他国家提交专利申请各自的基本流程，然后从这两种途径的基本流程分析它们各自的优缺点以及各自的适用情况。需要说明的是，当向外国提交专利申请时，一种情况下是存在优先权问题（即此前已经在国内提交过相同主题的专利申请），另外一种情况是不存在优先权问题。由于存在优先权的情况比较普遍，而且在此种情况下，通过巴黎公约途径和通过PCT途径的区别更为明显，因此下面给出的两种途径申请流程也是针对存在优先权情况而言的。
一、通过巴黎公约途径向外国提交专利申请的主要流程：
（A）向中国知识产权局就一项发明创造提交专利申请，该申请的申请日即为优先权日。
（B）自上述优先权日起12月（发明、实用新型）或6个月（外观设计）内，由涉外代理机构将该项发明创造向申请人期望获得保护的其他国家知识产权机构各提交一份单独的专利申请，然后由这些国家按照各自本国法律对该项发明创造进行审查，进而授予专利权或驳回申请。
二、通过PCT途径请求外国专利保护的主要流程：
（A）向中国知识产权局就一项发明创造提交专利申请，该申请的申请日即为优先权日。
（B）在上述优先权日起12月（发明、实用新型）内，向中国知识产权局PCT处或国际局提交国际申请，即进入国际阶段。在国际阶段完成国际申请的受理、检索、修改（可选）、公开和初步审查（可选）等工作。
（C）自优先权日起30个月内向申请人期望获得保护的其他国家知识产权机构办理进入国家阶段的各种手续，然后由这些国家按照各自本国法律对该向发明创造进行审查，进而授予专利权或驳回申请。
对比上述两种操作流程可知，两种途径操作流程中的（A）步骤是完全相同的，由此产生的费用自然也相同（大约几千人民币）；（C）步骤在操作的时间和手续上略有差别，但在希望获得保护的其他国家对该向专利申请进行审查方面是相同的，由此产生的费用也大致相同（各国收费不同，平均每个国家大约是5万左右人民币）。显然，通过PCT途径向其他国家提交专利申请在操作流程上比通过巴黎公约途径多了一个步骤（B），步骤（B）所产生的费用主要包括PCT国际费、检索费、传送费以及初步审查费（可选），大约合计1.6－2.2万人民币。由此，从表明上看来，通过PCT途径向其他国家提交专利申请比通过巴黎公约途径多花了1.6－2.2万人民币。但是，这多花的1.6－2.2万是不是物有所值呢？什么情况下该花，什么情况下不该花？下面进行实质性分析。
当一项发明创造在国内已经提交过专利申请后，如果需要再向其他国家提交专利申请，则建议可以从以下几个角度综合考虑采用何种途径更合适。
其一：考虑该项发明创造希望获得专利保护的类型。就中国专利法对发明创造的定义而言，发明创造共分为三种：发明、实用新型以及外观设计。巴黎公约对于这三种保护类型都适用，但是PCT不适用于外观设计，因此，如果一项发明创造希望获得专利保护的类型是外观设计，那么只能通过巴黎公约途径向其他国家提交专利申请；如果一项发明创造希望获得专利保护的类型是发明或实用新型，那么两种途径均可选择。
其二：考虑希望获得专利保护的其他国家（以下简称目标国）数目以及当前申请人的资金状况。
由于通过巴黎公约途径，需要在12个月内完成向各个目标国提交专利申请以及翻译等工作，相应的，也要缴纳(A)、（B）（C）步骤所产生的全部费用。根据前面介绍可知，（C）步骤所产生的费用相对其他步骤而言是巨大的，进一步，如果目标国家数目较多，(C)步骤所产生的费用将更加庞大，例如，目标国为7个，那么（C）步骤所产生的费用大约合计30多万人民币。由此可知，当目标国数目较多时，申请人需要在短时间（12个月）内支付相当多的费用。
而通过PCT途径，在临近30个月的时候才需要支付（C）步骤所产生的费用，在12月内只需支付(A)和（B）步骤所产生的费用（这两个步骤的费用相对（C）步骤而言少很多。
由此可见，对于目标国数目较多、申请人当前资金又不十分充足的情况，选择PCT途径更适合一些。另外，采用PCT途径（C）步骤费用的支付时间可以推迟到30个月左右，而非巴黎公约规定的12月。
其三：考虑发明创造本身的价值以及希望获得外国专利保护的时间紧迫性。
由于通过巴黎公约途径，专利申请在12月之内就进入了目标国的国家阶段审查，因此相对于PCT大约30个月进入目标国而言，专利申请接受实质性审查以及获得授权的时间通常会更早。因此，如果某项发明创造急于进入国际市场，并且申请人对该项发明创造的价值（主要是创造性）比较有把握，则适宜通过巴黎公约途径直接向目标国提交专利申请。
相反，如果申请人对自身发明创造的价值把握不大，比如对其是否有创造性以及创造性大小把握不好，而且，该项发明创造涉及的产品并不急于进入国际市场，那么就适宜通过PCT途径向目标国提交专利申请。因为通过PCT途径，在真正进入目标国的国家阶段之前，可以根据（B）步骤所述的国际阶段中的国际检索以及国际初审（可选）对专利申请的创造性有更进一步的了解，然后再决定是否操作（C）步骤。
一方面，申请人可以根据国际检索报告和国际初审报告（可选）的内容，判断是否有必要再进入国家阶段。因为，如果申请人以及代理人根据国际检索报告或国际初审报告给出的意见以及检索到的对比文献，判断该国际申请确实不具有创造性，认为即使将该专利申请进入目标国的国家阶段，也很难被授权，那么申请人就可以不办理后续进入国家阶段的各种手续，由此在一定程度上避免了(C)步骤不必要的浪费。
另一方面，申请人（或代理人）可以根据国际检索报告和国际初审报告（可选）对提交的国际申请文件进行修改。由于在国际阶段对申请文件进行修改通过国内代理机构即可，而进入目标国的国家阶段后则需要通过目标国的代理机构进行修改，就目前而言，国内代理机构的收费标准远远低于国外代理机构的收费标准，因此，通过在国际阶段对申请文件做修改比进入国家阶段后做修改在费用和精力上都要花费更低。
其四：考虑该项发明创造的具体国际市场是否已经或可以很快确定下来。随着经济全球化的发展，任何一件专利产品的潜在具体国际市场不是在短时间内可以确定下来的，有可能开始觉得潜在的国际市场是美国、欧洲以及日本等发达国家，但是后来经过较长时间的市场调研发现该专利产品在发达国家可能并没有市场，而是在发展中国家有较好的市场。如果通过巴黎公约途径，在12月之内就需要确定出具体的目标国并支付相应的（C）步骤费用；而通过PCT途径，则允许延期至30个月确定出具体的目标国即可，从而在一定程度上避免了对目标国的盲目选定。因此，对于较短时间（10个月左右）内可以准确的确定出具体目标国的专利申请，则可以通过巴黎公约途径提交；但是，如果在短时间内不能准确的确定具体目标国，或者希望能够多一些潜在国际市场的调研时间，则适宜通过PCT途径提交专利申请。
作为申请人，对于上述几点可以综合考虑，当然，最好是向有丰富代理经验的资深代理人进行咨询，与代理人一起具体情况具体分析，进而最终选择一条最有利于申请人的途径向外国提交专利申请。
